Com base no qual o ninja usa o ninjutsu, a quantidade de chakra será diferente, como seria o elemento o ninja emprega. Os cinco principais tipos elementares são também os nomes para os Cinco Grandes Nações Shinobi: Fogo, Vento, Raio, Terra e Água. Cada ninja tem o potencial de melhorar a utilização destes estilos e potencialmente mais. Utilizadores Rinnegan tem a capacidade de controlar mais facilmente os cinco elementos.
Chakra Normal
Esse tipo de chakra é bem limitado. No mangá, é dito que tem a cor amarela. A quantidade de chakra que uma pessoa tem varia. Kakashi diz que Naruto possui três vezes o seu chakra, sem contar com o da Kyuubi. Em relação a isto, podemos ver que Naruto nunca sofreu perda de chakra numa luta, a não ser contro o Neji, que havia fechado seus tenketsu.
Chakra Vermelho
Chakra da Kyuubi é um tipo de Chakra especial que pode ser usado por Naruto Uzumaki, e pela própria Kyuubi. Ele consegue ter acesso a esse Chakra quando está com um grande excitamento emocional (como quando está em perigo, emocionalmente frustrado, ou com grande raiva.) Quando ele deixa uma parte do Chakra da Kyuubi se libertar o selo, do selamento que à selou em Naruto Uzumaki, aparece em seu abdômen. O chakra é tão forte que ao mesmo tempo que destrói os tecidos de Naruto, os regenera.Mas esse Chakra é tão forte que na maioria das vezes,Naruto Uzumaki é influenciado pela Kyuubi e começa atacar todos em seu caminho como um animal selvagem,e quando volta ao normal,não se lembra de muita coisa.
Chakra do Selo Amaldiçoado
Esse chakra só pode ser usado por quem já foi marcado pelo Selo Amaldiçoado de Orochimaru (sendo mordido por ele e sobrevivido). Esse é um tipo de chakra muito perigoso, e se ele for usado muito, ele acaba com a humanidade da pessoa, e ela se torna um escravo de Orochimaru. Esse chakra tem uma cor roxa escura.
Chakra Medicinal
É o jutsu mais utilizado por Shinobis medicinais. Ao usar este Jutsu, o chakra do ninja fica na cor verde claro.Este jutsu cura praticamente todos os tipos de ferida, dependendo na habilidade do Shinobi.
Chakra da Estrela
Em Hoshigakure no Sato (Vila Oculta da Estrela), o treinamento shinobi inclui meditar em torno do meteoro que dá nome à vila. Ninjas que passam por esse processo adquirem um chakra especial lilás – que é o próprio chakra comum dos usuários transformado pelo meteoro. Inicialmente, esse chakra toma a forma de “penas” nas costas do shinobi, lembrando um pavão. Essas penas podem ser moldadas em outras formas, com a prática. Apesar de esse chakra tornar possível realizar os jutsus especiais de Hoshigakure, o treinamento com o meteoro danifica bastante o corpo e diminui a expectativa de vida. Nem todos os shinobis da vila suportaram esse processo.
Chakra do Clã Hatake
Ao utilizar o tanto uma espada curta que ele carrega nas costas que é herança de família quanto qualquer outa espada, deixam um rastro de chakra branco oriundo da lâmina.
Chakra Eremita
O chakra mais forte que uma pessoa pode vir a ter. Ele precisa de 3 tipos de energia em harmonia para ativá-lo: a energia física, energia espiritual e energia natural. Quando a pessoa possui esse chakra, ela fica mais forte que um kage, podendo destruir um monte com um soco. Esse chakra é ensinado pelos sapos do monte Myokubu.
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